Altium 6 Update PCB Document的奇怪问题

我的设计里包含三个Schematic文件，标号均没有问题。一个PCB文件，元器件布局已经完成。
由于更改了部分设计（很少一部分，2个元器件电源连接做了更改，从5v改为3.3v），然后Update PCB 文件，就出问题了。发现Altium给出了无数需要改动的地方，多达160个改动，而且其中很多改动都莫明其妙，没有理由去掉了很多元件。不知道什么问题，请大家指点。