如何修改已做好的电路板

最近做一个四层板，在元件布局後发现有几个元件封装错了，我在原理图中修改了封装，然後重新载入网络表，最後PCB板的所有元件都变成绿色的了。但我在RULE中没有找到相关的规则，请教各位大侠这是怎麽回事，正确的修改方法是怎样的。谢了先
对了，还有一个问题就是，在TOP层有元件，然後在这个元件的正下方的BOTTM层也放一个元件时，这两个元件都会变绿，不知是违反了什麽规则，多谢各位了。