cortex M3 控制步进电机及AD采集模拟信号，使用双电源共地干扰

本人做一个用M3控制的模拟信号采集系统，主控板上集成M3、达林顿管（步进电机驱动）、5V转3.3芯片、模拟传感器排针接口（5V、信号线、GND）、电源接口（12V、5V、GND）、串口接口排针。5V、12V电源是独立供给，现在遇到的问题是，如果先把两个电源的地（GND）共一起再用导线引到主控板上时，M3定时器启动和电机转动瞬间都会对模拟信号有干扰，模拟输出就会出现一个波浪。如果是把两个电源的地（GND）分别引到主控板上就不会出现这种现象。主控板上所有地都共一起的。（本人试过用磁珠、零欧电阻隔离液没有效果）
    请教各位大侠帮帮忙有什么解决的办法·····